בתום הליך משפטי שהחל בשנת 2014, קבע בית המשפט השלום בירושלים כי "כתרי דמשק" שהובאו לישראל במהלך מבצע חשאי של המוסד לפני כשלושה עשורים הינם נכס בעל אופי ציבורי מובהק ולא יועברו לידי אנשי הקהילה היהודית בדמשק המתגוררים בישראל.
'כתרי דמשק' הינם 'עמודי כתר' המכילים את כל ספר התנ"ך. מדובר בספרים עתיקים בני מאות שנים שהתגלגלו ובאו מדור לדור ומקהילה לקהילה עד שמצאו את מקומם בקהילה היהודית בדמשק. על פי המופיע בשעריו, הכתר נכתב בשנת 1260 על ידי מנחם בן רבי אברהם ו' מאלך שהתגורר בספרד.
על פי הדיווח, במסגרת המאמצים להבריח את 'כתרי דמשק' ארצה נעזר המוסד בסיועו של הרב אברהם חמרה, כיום רבם של יהודי סוריה ולבנון שהתגורר בדמשק. לדבריו, הובטח לו על ידי גורמים שפעלו בענין, כי עם עלייתו ארצה יועברו הספרים לרשותו, אלא שעם הגעתם אוחסנו הספרים בבית הספרים הלאומי שע"י האוניברסיטה העברית עד לבירור מעמדם המשפטי.
בשנת 2014 פנתה הספרייה הלאומית לבית המשפט בדרישה להעניק לספרים המחוזקים ברשותם מעמד חוקי. בתביעתה ציינה הספרייה הלאומית את עובדת היותה בית הספרים הלאומי של העם היהודי לצד יכולות השימור הגבוהים לספרים עתיקים, העומדים לרשותה.
בעתירתה דרשה הספרייה, שבית המשפט יצהיר כי תשעת 'כתרי דמשק' הנמצאים באמתחתה מהווים הקדש ציבורי וכי בית המשפט יקבע את תנאי ההקדש ומטרותיו.
מנגד, עמד הרב אברהם חמרה שטען כאמור בתוקף כי סייע לגאולת הספרים בהתאם להבטחה שקיבל, ומשכך, הרי עליהם לעבור לרשותו.
היועץ המשפטי לממשלה, אביחי מנדלבליט, שנדרש לענין הציג את עמדתו ולפיו, "כתרי דמשק הינם שרידים מוצלים מאש ועדות לקורות עם-ישראל במאות השנים מאז כתיבתם. לכתרים היסטוריה עשירה ומאפיינים ייחודיים החושפים רזים מחיי הנדודים ותלאות קהילות יהודיות בעבר ובהווה. הכתרים עשויים מלאכת יד, והם מופת לאמנות הקליגרפיה והמיקרוגרפיה היהודית".
לדבריו, "כל כתר וכתר מקבוצה זו הוא יחידאי, ומכאן נדירותם. כתיבת הסת”ם והאמנות שבכתרים, כמו גם הדקדוק שבמסורה הגדולה ושבמסורה הקטנה שבשולי הקלף, הם מפסגות היצירה היהודית ואין עוררין כי מדובר ביצירות מופת של העם היהודי, אשר ערכן לא יסולא בפז".
כאמור, בית המשפט אימץ את המתווה שקבע היועץ המשפטי לממשלה למינוי הרכב של 9 נאמנים בהקדש אשר ייצגו קשת ציבורית רחבה המורכבים מאנשי תורה והשכלה, נציגים של יוצאי יהדות סוריה, אנשי מקצוע ומומחיות מטעם הספרייה הלאומית, זאת מבלי שגורל כתרי דמשק יהיה מוכתב על ידי גורם אחד.
הוחלט, בהתאם לנוהל מנהל ההקדשות, כי במקרה של שוויון בהצבעה בקרב חברי ההרכב, ליו”ר הנאמנים לא יהיה קול מכריע. עוד נקבע, כי למנהל מחלקת השימור בספריה הלאומית תהיה זכות וטו בכל עניין הקשור או משפיע על שימור הכתרים.
עם זאת, התיר היועץ המשפטי לממשלה להציג את מי מהכתרים גם מחוץ לספריה הלאומית, בין היתר במרכז המורשת של יהדות סוריה, ככל שיוקם ביום מן הימים בחולון, העיר בה מתגורר הרב חמרה.
בהחלטתו ציין בית המשפט: "דרך ארוכה עברו כתרי דמשק שיצאו תחת ידם של סופרי סת"ם לפני מאות בשנים, התגלגלו אל בתי הכנסת של קהילות ישראל בדמשק, ובעת מצוק ליהודי דמשק, ניצלו בידי המוסד בסיועו של הרב חמרה שסיכן נפשו לטובת הכלל ובסיועם של אחרים, עד שלבסוף הגיעו אל הספריה הלאומית שפעלה ושקדה על שימורם.
"אני תקווה שההצהרה על הקדש כתרי דמשק וקביעת כתב ההקדש יהוו מסד לכל הנוגעים בדבר לשמור, לשמר ולהאדיר אוצר זה של העם היהודי, לטובת הציבור בכללותו, למען הדורות הבאים, ולהנצחת מורשת קהילת יהדות סוריה".
